曾经险些遭到魔神毁灭的世界，拯救它的是一位被后世称为“魔法帝”的魔导士……两位被遗弃在教堂的少年，一位是有卓越魔力跟魔法才能的四叶草魔导书的尤诺，另一位魔法值为零但却意外获得黑色五叶草的魔法书的亚

奈叶（田村由香里 配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈 配

　　半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎